Yocto フローでは、cfg または scc ファイルは外部ソースに適用されません (アップストリーム動作)。PetaLinux で外部ソースに設定を適用する必要があります。常に scc ファイルではなく cfg ファイルを使用することをお勧めします。
Xen および openamp は DISTRO 機能により処理されます。DISTRO 機能を追加しても、対応するカーネルでの設定はscc ファイルで処理されるので有効になりません。これを解決するには、<plnx-proj-root>/project-spec/meta-user/recipes-kernel/linux/linux-xlnx_%.bbappend を編集します。
次の行を追加します。
SRC_URI += "file://xilinx-kmeta/bsp/xilinx/xen.cfg"
scc ファイルを使用する場合は、外部ソース手法を使用してそれぞれの cfg ファイルを置き換えます。