时钟不确定性表示相对于理想时钟的不确定程度。不确定性可能来自用户指定的外部时钟不确定性 (set_clock_uncertainty)、系统抖动或者占空比失真。诸如 MMCM 和 PLL 等时钟修改块还能以离散抖动 (Discrete Jitter) 和相位误差 (Phase Error)（如果使用多个相关时钟）的形式来影响时钟不确定性。
Clocking Wizard 可为指定器件提供准确的不确定性数据，并且可生成各种 MMCM 时钟配置用于比较不同时钟拓扑。为了实现目标架构的最佳结果，AMD 建议使用 Clocking Wizard 重新生成时钟生成逻辑，而不是使用先前架构中的原有时钟生成逻辑。